黑魂山的一切都被方舟恢复到原样，包括城市中的怪物，还有魂火制造出来的深渊监视者。
他带着阿雅，桂妮薇娅，赵飞雁三人，使用地遁术，回到百年之后。
这期间，时不时有一些修仙界的人进入黑魂世界，然后被深渊监视者猎杀，被魂火变成不死者。
百年后，凌霄月也出现了，此时她才先天境而已，并没有发现方舟在暗中监视。
凌霄月偷走了火焰圣剑的剑鞘，这是方舟制造出来的山寨版，并没有正版的威能。
不过正版剑鞘只有在阿雅的手中才能发挥出作用，在凌霄月手里只是一件精美的物品而已。
凌霄月在山寨版的阿雅的追杀下逃离了黑魂世界。
过了一段时间，又一个方舟的熟人出现了——夜鼠。
他误入黑魂世界，最终实在一群大光头手中，被魂火变成不死人，专门坑老乡。
如此又过了十几年，刚刚晋升先天没多久的方舟终于出现了。
方舟躲在暗中，看着过去的自己，护火教断裂的圣剑已经被他放置到原先的位置上。
一切如历史的轨迹前进，先天境的方舟一举一动都没有出现偏差。
这个时候就需要赵飞雁出场了。
赵飞雁按照方舟灌输给她的记忆，神魂在方舟的帮助下从肉身中脱离出来，附身在半截黑色断剑中。
先天境的方舟刚刚解决完一群大光头，得到了黑色断剑，就被赵飞雁的神魂拉入神魂之境中，引诱他去法兰要塞寻找另外半截断剑。
方舟和夜鼠穿过冷冽山谷，碰上了山寨版的阿雅。
随后他进入到法兰要塞中，被深渊监视者追杀，不得已使用核平术逃跑，濒临死境。
当方舟进入到地下三层时，就轮到桂妮薇娅登场了。
桂妮薇娅守着希望之火的余烬，并且将余烬的力量送给方舟，借助他的手，将余烬送入到山寨版的阿雅手中。
然后赵飞雁再度登场，将自己御剑术的心得和经验传授给方舟。
得到帮助的方舟杀死了深渊监视者，寻回两截断剑，并且将山寨版的阿雅带走。
这个山寨版会代替正版，一直在过去的历史中循环往复。
一个月后，方舟离开了黑魂世界。
不过他刚刚离开，又一个方舟出现了。
这个方舟是来黑魂世界寻找九阳丹最后一种材料的。
赵飞雁和桂妮薇娅再度登场了。
赵飞雁扮演一个死人，神魂再度从金身中脱离出来，与金丹境的方舟交谈后，任由他带走自己的金身。
桂妮薇娅则是扮演先知的角色，将方舟和阿雅引导到数千年前的历史。
当金丹境的方舟和阿雅使用地遁术离开后，躲在暗中的方舟松了口气。
未来没有改变，意味着他成功骗过了几个观察者，让历史的事实得以重现。
黑魂世界的文明却被方舟拯救下来，被他收入炼仙城的人口接近千万，这足够他们重建文明了。
趁着海市蜃楼还没有消失，方舟和阿雅来到入口处。
桂妮薇娅和赵飞雁已经进入炼仙城中，桂妮薇娅不打算出来，赵飞雁现在是个“已死之人”，以后不能暴露在长空和秦筠竹面前。
她对炼仙城也神往已久，跟着桂妮薇娅进入到里面。
阿雅回头看了一眼黑魂世界，这个故乡已经凋零，也被彻底的放弃，日后就算阿尔托莉雅她们从炼仙城中出来，也不会重返这个地方。
所以现在告别，就相当于是永别了。
阿雅默默看了一会后，与方舟进入海市蜃楼中，返回到修仙界。
回到天剑宗的后山禁地，方舟还要再使用地遁术，回到他结出金丹后的时间点上。
从后山禁地出来，看着熟悉的云海群山，方舟有种离别多年后回家的喜悦。
在这个时间点上，他只不过是离开了一会，但是他在过去的时间中足足待了数十年。
离开时是金丹，回来后却已经是神魂境，站在了现在修仙界的顶点。
方舟的神识在整个云海群山一扫而过，一切事物都是纤毫毕现的呈现在脑海中。
“是哪位道友前来天剑宗做客？”
伴随着传音，初代剑灵苏以南的身影骤然出现在方舟面前。
她的表情颇为严肃，好端端在家里坐着，忽然感觉到有一位神魂境的神识肆无忌惮的在云海群山扫过。
这几乎就是挑衅了，苏以南吓了一跳，这神识并不属于她知道的那几个还没有离开修仙界的老家伙。
她急冲冲从天剑峰出来，想要看看究竟是哪个老怪物找上门来。
在发现那道神魂境的神识是方舟发出来之后，哪怕以苏以南的心境，也忍不住露出见鬼的表情。
“你，到底怎么回事？”
这小子明明早上才金丹境，去了一趟后山，回来后就变成神魂境了？
方舟此时才看得出来，苏以南的境界是神魂境中的元神期，比方舟的阴神期要低一个阶段。
不过他并没有骄傲自满，对这位老奶奶还是挺恭敬的，将自己的经历略微讲述一遍。
苏以南听完后啧啧有声，昆仑墟隐宗的奇门遁甲之术她曾经也听说过，据说是一门夺天地之造化，穷宇宙之变化的神功。
现在看来所言不虚，居然有天遁术地遁术这种可以往返时间的法术。
“小子，你有没有离开修仙界的打算？”
苏以南询问道，在天地巨变，阴阳失衡后，大部分飞升者和顶尖修仙者都离开了修仙界，去探索新世界去了。
到了如今，除了一些因为各种原因而不得不留下来的修仙者之外，每个晋升到神魂境的修仙者，都会选择离开。
方舟摇摇头：“暂时没有这个考虑。”
日后有机会肯定是要离开的，因为他身上还肩负着伏魔大圣的叮嘱。
苏以南觉得有些可惜，以方舟如此年轻和天赋，不应该留在修仙界这条破船上耗费人生。
“如果你想离开的话，记得跟我说一声。”
天剑宗历代也有不少人离开了修仙界，苏以南很想拜托方舟去看看，那些离开的人现在怎么样了。
方舟点点头，这只是举手之劳而已，他不会拒绝。