轩辕帝素来喜欢和百姓在一起。这一日，他在黄山和当地百姓在一起开山凿石，帮助他们建造房屋。这时，一个村民发现了一块外形奇特的石头。这块奇特的石头引来了众多村民的围观并且产生了千奇百怪的猜测。
“你们看，这个石头是不是有点像寿桃？”
“不对不对，我倒觉得它像个抱团的猴子。”
“你哪只眼睛看到这石头像个抱团的猴子啦！？”
“你哪只眼睛又看到它像个寿桃啦！？”
“你！——”
两个村民各持己见，毫不退让，闹得不可开交，还动起手来了！周围的村民都赶来劝架，引起了轩辕帝的注意。轩辕帝不愿双方上了和气，立马扔了手上的凿子，也跑去劝他们。
“怎么回事！？还动起手来了！”村民们听见首领的声音，立马让开了，刚才还在激烈打斗的两个村民也立即放规矩了。轩辕帝走进人群，看了看刚才打斗不止的两个村民，只见他们双方都被互揍得鼻青脸肿的，心里顿时火了，究竟是什么样的事值得邻里之间这样伤了和气？
“打啊？怎么不打了？邻里之间，抬头不见低头见，究竟有什么大不了的，值得你们之间大动干戈，互伤了和气？”
“是他先动手的！我不过就说了句那个奇怪的石头像抱团的猴子，一点也不像寿桃吗？”
“明明是你先挑衅我的！”
两个村民都撸起了袖子，准备再打一架。轩辕帝一声喝止，身为首领的威严不容侵犯，两个村民吓得立即退了下去。轩辕帝走近那块外形奇特的石头。他发现，两个村民都说得有理。从正面看，这块石头像个寿桃，但从侧面看，这个石头却像个抱团的猴子。轩辕帝伸手欲将那手头抱起，不料那石头里突然有光亮一闪一闪的出现，吓得村民们还以为是个什么妖怪，只有轩辕帝毫无畏惧。
轩辕帝施法脱去了奇石的表层，呈现在众人面前的竟然是一块完美无瑕的玉石。此玉石初现人间，光芒四射，众人在那一时间皆无法睁开双眼。此玉出石非凡，定不是寻常之物。轩辕帝将其托在手中，自觉似神游于天地之间，于是给此玉命名为通灵宝玉。
得到奇玉后，轩辕帝迅速返回王宫。一路上，他一直在琢磨该玉石的用途，要是就以这个样子放在那里，岂不浪费了？一回到王宫，轩辕帝就急忙去了碧仙宫，一是急于想见到许久未见的爱妃姑射，二是他想到可以将此玉送于姑射，如此的好玉，就由她决定想做成什么。
“爱妃，爱妃，快来看看我给你带了什么好东西。”
“什么好东西啊？不会又是什么上等粟米吧？”一位身着朴素，姿色美丽的女子从内殿中笑着出来了。
“爱妃，你就别跟我开玩笑了。我这回带回来的东西可不是一般，你看！——”轩辕帝将桌上的锦盒打开，一块通透无暇的绝世美玉呈现在姑射面前。她伸出丝绸一般柔软的玉手，抚摸那块美玉，忽然觉得自己仿佛飞上了九重之天。姑射对这块美玉爱不释手。
“爱妃，我正在想，要将这块玉制成个什么花样？若以原石这样放着岂不可惜了。”
姑射听此，便告诉轩辕帝：“轩辕哥哥，我最喜欢弹弄各种乐器，不如就将此玉制成玉笛如何？”
“好，依你所言。来人，你将此玉石交于玉匠，命他将此玉制成玉笛。”交代之后，轩辕帝卧榻休息，姑射为其弹奏由二人共谱的锁君心。夫妇如此，好景如画，谓之：“只羡鸳鸯不羡仙。”
玉匠房里，卢工正在制笛。他切开玉石，发现里面有一块精玉，灵气环绕，似能通晓人心。精玉虽好，但质地过硬，卢工用尽各种办法，也不能在上面下任何功夫。但是他又怕首领责备其无能，于是将精玉从玉石中取出，藏于密处。卢工将取出了精玉的玉石制成了龙凤环绕的精美玉笛。
三日之后，卢工将已完工的玉笛献于轩辕帝。轩辕帝看到玉笛，更为惊叹，并对卢工的技艺大加赞赏了一番。轩辕帝将玉笛赠与姑射，姑射将玉笛细看了一番后，看向轩辕帝：“轩辕哥哥，有你为我制笛，不如便由我为此笛缔名如何？”
“好，当然好。”
姑射想了一阵子，灵光一闪：“它就叫做轩辕笛。轩辕哥哥以后不在我身边的时候，它就代你，成为我的安慰。”
轩辕帝将姑射一把紧紧地搂在怀里，他知道他很对不起她。身为一方的首领，他不能时常陪在她的身边，不觉心有愧疚：“以后，它便是我们之间的寄情信物。”
“好。”姑射用玉笛吹奏起了那首锁君心，曲中饱含一个女子对其情郎的真爱。一曲笛音奏起，顿时宫内百花盛开，枯木再生，宫外亦是一片神奇，山花烂漫，百鸟齐鸣，绿草成茵。轩辕姑射无不为之震撼，以为是真情感天。城外百姓则以为是天降祥瑞，顿时一片欢呼。
不久之后，轩辕帝又离宫治理黄河水患，一走就是半年。在这半年里，姑射的身体越来越虚弱，宫中医师均束手无策。姑射身边的丫鬟由此认为，肯定是娘娘太过于思念首领，以至于相思成疾。于是，她们悄悄让宫外侍卫去通知首领，娘娘病重。
轩辕帝接到消息后，马不停蹄赶回王宫，但却只听见整个王宫哭声一片。轩辕帝心中大为不祥，一口气奔向碧仙宫，但他还是晚了一步，姑射已经离开了人世。轩辕帝将众人赶出了碧仙宫，走近姑射的床榻，看着已经毫无生气的姑射。轩辕帝将姑射抱在怀中，姑射手中的笛滑落到地上。轩辕帝将玉笛拾起，这是他们之间的寄情信物，物还在，可是人已空。
“你起来啊，啊，爱妃？只要你醒过来，我以后会一直陪在你身边，永远不会再叫你寄情于物。你起来啊，你起来啊......啊！——”轩辕帝放声痛哭，姑射永不会再回来。
于是，轩辕帝施法想将姑射的魂灵召回，但他耗尽全身的法力也不见姑射的魂灵归来。轩辕帝悲痛欲绝，自闭与碧仙宫，终日吹笛，以寄对姑射的相思之情。不料，宫内顿时万物枯损，宫外六月突降飞霜，天气异常寒冷。这天气异变持续了近半年，导致五谷歉收，百姓们冻的冻死，饿的饿死。
轩辕帝死后，轩辕笛也随即失踪，最后辗转到了南家先祖南红樱的手中。南红樱是一名术士，得到轩辕帝便知其中的蹊跷。为避免心怀不轨者知道其中的秘密，利用此笛为祸苍生，南红樱遂将其封印，由南家子孙时代守护。