三日之后，土墙修筑完成，明军弓弩手旋即轮番登墙，向着对面城墙上的守军放箭，而守军亦不甘示弱，躲在女墙之后与明军展开了对射。
许尔显见明军即不攻城也不撤军，心中正在纳闷，于是趴在城墙垛口上悄悄向外张望，只见明军正不断运土出来加固土墙，虽然看不到土墙后面的动静，但凭着多年战阵积累的经验，许尔显心中已然猜到了七八分。
“镇台大人，你在想啥？”知府张之璧紧挨着许尔显，靠坐在女墙后，心有余悸地问道。
许尔显闻声转头，瞅了眼旁边张之璧紧张的模样，心中不免好笑，当即明知故问道：“这三日，明军围而不攻，府台大人有何感想？”
张之璧不明所指，不假思索地答道：“肇庆府城固若金汤，明军失去攻城扶梯，已是无计可施，想必现在还在抓紧时间打造扶梯吧！如此一来倒是能替咱们争取不少时间！”
许尔显却是摇了摇头，故作严肃地吓唬道：“府台大人所言差矣，那李定国向来狡诈无比，又岂会无计可施？若本镇所料不差，此刻明军恐怕正在抓紧挖掘地道，过不了多久，应该就能挖到咱们脚下了！”
张之璧听罢不禁大惊失色道：“要是李定国果真将地道挖入城中，这该如何是好？”
见吓也吓得也差不多了，许尔显这才成竹在胸地回应道：“府台大人莫要惊慌，如果被将士们看到，岂不是动摇军心？本镇决定以其人之道还治其人之身，既然李定国爱挖地道，那本镇就陪着他一起挖！比比看，到底是谁的速度更快！”
“此言何意？”张之璧一脸不解地问道。
许尔显也不打算卖关子，随手从地上捡起一支箭矢，拗去大半截箭柄只留下箭簇，在地上边比划边解释道：“府台大人且看，这是肇庆城，这是明军土墙的位置，不出意料明军的地道入口就在这个位置！既然明军想要掘城直入，那咱们便横着挖，沿内城挖出一条壕沟，与外濠水源连通，并以土包垒坝临时阻隔，一旦明军地道通进城内，咱们立刻掘开坝口，放水填壕，让明军有来无回！”
张之璧听后不禁佩服得是五体投地，连声称赞道：“镇台大人真是诸葛孔明复生，神机妙算啊！此战明军必败！”
拿定主意后，许尔显旋即命守军继续坚守城池与土墙上方的明军对射，一面又命张之璧组织城中百姓，抓紧时间挖出一道与内城城墙平行的内濠。
经过一连数天昼夜不息的挖掘，一道阔八尺，深六尺，从东西北三个方向环绕城池的内壕终于基本竣工。
许尔显料定今日明军差不多也该挖通地道了，于是立即从城墙上调来了一队弓弩手，在内壕沿线严阵以待。
次日半夜时分，随着一阵轻微的泥土松动掉落声，地道终于挖通了，数百明军将士摸着黑悄然从地道内爬了出来。可没等他们高兴上片刻，顿时全都傻了眼，借着微弱的月光，他们发现所在的位置，居然是一道一眼望不到尽头的深壕。
壕沟里的明军将士尚在惊愕之际，就见四周忽然亮起了无数火把，顷刻间飞矢如蝗，杀声震天。不过明军很快就反应过来，立刻冒着箭雨搭起人梯，一个接一个，奋不顾身地往壕沟上方爬去。
随着越来越多的明军将士从地道出口钻出，清军弓弩手渐渐有些力不从心，许尔显看在眼里，当即下令擂鼓传令。
随着一阵短促的鼓声响起，守候在坝口旁的清军士卒立刻用竹竿捅开土包。外濠之水瞬间奔涌而入，直冲向壕沟内密密麻麻的明军，明军猝不及防，被汹涌的大水冲了个七零八落。
站在壕沟之上的清军乘机以长矛突刺那些挣扎想要爬上岸的明军，浸泡在水中的明军，叫天天不应，喊地地不灵，根本无路可逃，竟是全军覆没。
虽然暂时守住了肇庆，但围城明军依旧势大，许尔显深感形势危急，若长此以往，城池迟早将会易手。
他不敢托大，连忙派遣心腹部将趁着黑夜缒城而出，向广州的尚可喜求援。
在接到许尔显的急报后，尚可喜并没有慌张，他认为潮州的郝尚久和其他各路抗清义军并不足为惧，真正的心腹大患惟有李定国一人，只要能将肇庆城下的明军击败，就能够重新稳定住整个广东的局面。
念及至此，尚可喜当即点齐广州城内的清军主力，赶赴肇庆增援，同时又派人将奏折送往北京，向清廷求援。
由于定国率军从广西而来，没有水师，因此尚可喜得以通过南薰门外的水路，从容不迫地进入了肇庆城。随着援军到达，双方形势瞬间发生了微妙的变化，原本兵力已经捉襟见肘的守军重新得到补充，再想要攻下肇庆，可谓是难上加难了。
而城内的尚可喜也是如坐针毡，先前的大水尽管冲垮了明军挖掘的地道出口，但地道主体犹存，明军随时都能够通过深挖地道，从城内壕沟下方穿过，重新通入城中。
为了尽快解除明军地道带来的威胁，尚可喜当即传令三军道：“诸位将士听着，一旦城破，玉石俱焚！但凡有能出城夺贼地道者，人赏银五十两！”
正所谓重赏之下必有勇夫，城内清军很快就组织起了一支三千人的敢死队。
四月初八日，清军敢死队趁着清晨薄雾的掩护，从东西两座炮台各凿一侧门，出其不意地冲出城外，直扑明军土墙而来。
值守土墙的明军弓弩手很快就发现了这支清军的动向，连忙以铳炮箭矢猛烈攻击。尽管死伤惨重，但清军敢死队并没有丝毫退缩，他们以挨牌遮挡头部，持刀奋进，很快就推进至了土墙下方。
清军敢死队于是兵分两路，一路冲上土墙驱散明军弓弩手，另一路则迅速杀光地道入口处的明军，旋即将随身携带的引火之物尽数堆积在地道入口，然后点燃大火，熏燎地道中那些正在挖掘作业的明军士卒。
一时间烈焰冲天，浓烟滚滚，定国在龙顶岗大营得到前方告急，急忙命吴三省率军出击，尽快消灭这支袭击地道的清军敢死队。
但一切都已为时过晚，地道内的明军将士由于入口被大火封死，无处可逃，没挨上多久，便尽数葬身于滚滚浓烟之中。
见前阵陷入混乱，定国连忙下令全军后撤五里下营。
尚可喜初战告捷，立即趁着明军后撤立足未稳之际，亲率主力由西、南两门突然杀出，直取龙顶岗定国的中军大营。
鉴于明军作战时多用长幅布缠头，棉被遮身，普通刀箭难以奏效，孔有德特意在军中配备了大量的镰钩长枪。
这种镰钩枪有一丈五尺长，除了最前端尖利的枪头外，旁还有一个延伸的挠钩。两军交战时，不需要近身肉搏便可以轻松攻击对面的敌人，哪怕敌人能够躲开最先的捅刺，长枪回拉瞬间，挠钩也能从后侧勾住对方衣甲，将敌人拉倒在地，彻底搅乱对方的阵型。
果不其然，在面对镰钩枪时，明军有些措手不及，许多人都被挠钩带倒，没来得及起身，又被紧随而至的清军乱刀砍死。
一时间定国也想不出什么扭转乾坤之法，只能眼睁睁地看着清军在自己阵中肆无忌惮地横冲直撞。明军虽然势众，但大多数都是不久前才刚刚归附而来的原明官军，战力良莠不齐，打顺风战时还勉强够用，可一旦遇到今日这般的逆境，便瞬间轰然崩溃了。
清军于是趁势掩杀，俘兵百余人。待至战斗结束，尚可喜遂以为孔有德复仇之名，将这些俘虏尽数活埋于城墙下方。
就在明军节节败退的时候，高文贵率领着援军及时赶到了战场，在这支生力军的接应下，明军方才重新稳住了阵脚。尚可喜见突袭的目的已经达到，再打下去徒添伤亡，旋即鸣金收兵，调头返回了肇庆。
明军此战虽败，但实际损失的兵力并不算多，加在一起也不过三四千人，这对于二十万大军来说不过是九牛一毛，然而肇庆城久攻不克，加上接连被清军所败，军中士气已然低落至谷底，早已不复先前初入广东时那般斗志昂扬了。
而最大的麻烦也逐渐显露出来，围城的这一个月来，每日军粮的消耗都是天文数字，加上又与孙可望闹翻，没有了后方基地提供补给，只能完全依赖前线以战养战。如今坐困肇庆坚城之下，二十万大军坐吃山空，时至今日，军中存粮已不足半月之用了。
进军广东前，定国听闻尚可喜的能力远不及孔有德，认为自己必然能够靠着两月存粮的支撑，顺利攻下肇庆，然后顺流而下直取广州。广州既是广东的省会，又是两藩驻地，只要能够拿下此城，就可以获得充沛的粮草，供大军使用了。
但谁都没有料到，一座小小的肇庆城就让明军足足耗费了一个多月时间，如今又有尚可喜亲自坐镇督战，一时半会儿间恐怕是很难破城了。
幸亏当时定国曾留下一支兵马驻守梧州，连同之前控制的柳州、浔州以及南宁等府县，总算还有一块立足之地，只要能够休整上一年半载，待粮草备齐，依然能够卷土重来。
“撤兵吧！”此次肇庆之战的确是自己轻敌大意了，定国颓然靠坐在帅案前，怅然若失地对诸将下令道，“全军暂时退回广西，待时机成熟之后再战不迟！”
紧接着，定国又向各营诸将布置了撤军顺序和一旦遇警时的应对之策，而后便率领着大军拔营起寨，互相交替掩护着，缓缓向西撤去。
听闻定国撤军，尚可喜不禁喜出望外，连忙亲率大军出城。由于明军军容严整，尚可喜担心其中有诈，不敢跟得太近，只是沿途不断接收被明军放弃的城池。
直到将明军完全送出了广东境内，尚可喜方才如释重负地长长舒了一口气。于是依旧留下许尔显驻守肇庆，然后带领着主力大军走水路返回了广州。
尚可喜知道定国经此挫折，断然不会善罢甘休，遂再次上奏朝廷，要求尽快派军前来广东增援，以防不测。
而远在潮州的郝尚久在得知定国撤军返回广西的消息后，急忙向福建的郑成功求援。可在郑成功看来，郝尚久此人反复无常，因此对他的求援不予理会。郝尚久被彻底抛弃，潮州城也沦为了一座孤城。
此时，在得知定国与孙可望决裂，攻打广东失败的消息后，洪承畴赶忙派人前往广西招抚，想要劝说定国降清。
哪知定国听后却是勃然大怒，二话不说就命人将使者拖出辕门斩首示众，并将首级送还洪承畴，以示自己誓死抗清的决心。